Если вы имеете ввиду дрозофил, то проще всего не давать им разводиться: чаще менять воду, тщательно очищать от остатков посуду. Если вы уже развели у себя "популяцию", то избавиться от них можно при помощи клейкой ленты. Более эстетичны желтые клейкие пластины (продаются в садоводческих магазинах).
Еще большое значение имеет качество зерна. Если зерно хорошее, то оно быстро прорастает и никакие мухи не успевают развестись в нем. Если зерносмесь плохого качества: много дробленого, не всхожего зерна - все, что не проросло - загнивает и служит хорошим субстратом для разведения насекомых, не говоря уже о плохом запахе. Соответственно нужно подбирать хорошее зерно для выращивания травки.